Ich vermute es gibt zwei Wege:
a) Eine Platte heraus und mit einem Linux mounten. Die Partition mit Parted verkleinern, dann wieder in die Diskstation einbauen und schauen ob Du den Raid1 mittels der kleineren reparieren kannst. Wenn erfolgreich die verkleinerte Disk heraus und durch eine zweite kleinere ersetzen
b) Wenn Synology bei a) zickt, dann halt auf dem Linux System den RAID 1 mittels einer zweiten kleineren Platte wieder reparieren und dann den Tausch groß gegen klein auf dem Linux System durchführen (wieder RAID 1 heilen/vervollständigen) und dann beide kleinen Platten Platten wieder in die Diskstation einsetzen