Ich habe das gleiche Problem mit meiner DS212J (DMS 4.0) die ich vor zwei Tagen frisch eingerichtet habe. Sie ist über einen Switch mit meinem Mac verbunden.
Für das Time Machine Backup habe ich ebenfalls einen eigenen Nutzer mit Quota angelegt und diesem die Zugriffsrechte auf einen gemeinsamen Ordner gegeben, welchen ich dann "Systemsteuerung -> Win/MAC/NFS -> Mac Dateidienst -> Time Machine" ausgewählt habe. Anschließend habe ich noch den Mac Dateidienst (Port 548) in der Firewall freigegeben.
Dann konnte ich mich problemlos mit Time Machine verbinden und das Initialbackup durchführen. Wenn aber eine Stunde vergangen ist und die Time Machine in die nächste Runde starten möchte findet sie das Netzwerkvolumen nicht mehr.
Um dafür zu sorgen, dass die Time Machine dennoch ihr Backup machen kann kenne ich dann zwei Möglichkeiten: Entweder ich entferne den gemeinsamen Ordner aus der Auswahl für die Time Machine in der oben genannten Einstellung der Systemsteuerung, speichere, füge den Ordner wieder hinzu und speichere erneut - sofort taucht das Volumen wieder in der Auswahl auf und Time Machine kann das Backup durchführen - oder ich verbinde mich mit mit dem Finder (Finder -> Mit Server verbinden) auf das Netzwerkvolumen (geht auch, wenn die DiskStation gerade mal wieder nicht als Freigabe angezeigt wird), was ebenfalls bewirkt, dass die Time Machine das nun gemountete Volumen wieder sehen und backuppen kann.
Beides ist nicht wirklich toll, da ich das jede Stunde tun müsste, damit die Time Machine ihren üblichen Backup Rhythmus beibehalten kann. So stellt sich auch für mich die Frage: Was tun, damit die Time Machine das Netzwerkvolumen auch noch eine Stunde und später findet?