Über welches Protokoll willst du die Ordner schützen? http oder samba oder ftp oder ...
Also Samba. Samba meldet dich nur dann ohne Passwortangabe an, wenn dein Windows User einen entsprechenden User auf der DS hat (identisches Passwort und Benutzername wie bei Windows) und der User überhaupt berechtigt ist auf die Share zuzugreifen. Von dem her sollten die Shares bereits mit einem PW geschützt sein.
BTW wo genau, in welchem file werden die Samba user gespeichert?
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