Nein, nur die Datenbank löschen. Im Grunde reicht auch, alle Tabellen zu löschen. Das Verzeichnis "owncloud" oder wie es bei euch heisst, im Webverzeichnis muss umbenannt werden. Es geht nicht, eine neue Installation dort drüber zu installieren. Wenn alles installiert wurde und läuft, werden alle relevanten Daten aus dem alten in das neue Verzeichnis kopiert.