Ob 3rd Party-Anwendungen nach dem Update laufen, hängt von ihrer Kompatibilität mit DSM5.0 ab. Du musst sie aber, auch wenn sie in einer neueren Version auf einem eingetragegen Community-Server liegen, meist immer per Hand aktualisieren. Synology-Apps werden beim Update auf 5.0 deshalb aktualisiert, weil Synology im DSM-Updatefile die ganzen Apps gleich mit einpackt und mit installieren läßt.