Also für den kompletten Zugriff auf deine DS kann ich hier WinSCP empfehlen. Ist zwar zunächst ein bisserl was einzurichten, aber im Wiki ist das gut erklärt.
WinSCP hat mir damals bei meiner ersten DS (DS209+II) gute Dienste geleistet und tut bei meiner jetzigen DS (DS411+) auch wieder.
Ob's auch nur mit nem FTP-Client funzt hab ich noch nich probiert. Denn WinSCP bietet ja auch noch eine direkte Integration von Putty an, welches für einige Sachen durchaus handlicher ist als die puristische "Konsole/Kommandozeile".
Aber zurück zum Thema...
Ich bin seinerzeit, also mit meiner ersten DS, auch als alternative zum rTorrent bei Transmission gelandet. Torrentflux war mir irgendwie zu bäähhh.
Transmission tut nun auch auf meiner neuen DS wieder sein Werk und läuft rund wie eh und jeh. Im neuen DSM 3.1 wurde doch der rTorrent durch Transmission ersetzt, oder ?
Vorteil von Transmission ist, dass dort doch einiges an Features vorhanden ist welche man von normalen BT-Clients vom PC (uTorrent oder mein Fav Azureus) her kennt und gewohnt ist. Ebenso gibt es für diesen mit Transmission Remote auch ein RemoteGUI, somit ist man auf den WebClient nicht angewiesen.
Nachteil von Transmission ist leider das man viele der Feature direkt in der json-Datei händisch konfugieren muss oder mit Glück versuchen kann über den Remote das hinzubekommen.
Die settings.json findest du unter /volume1/@appstore/transmission/var
Bitte aber vorher den Dienst von Transmission deaktivieren da sonst Änderungen an der json nicht gespeichert werden.
Bei Fragen zu den einzelnen Punkten der json oder dem RemoteGui... fragen
Greetz